机构申请知网查重首先需要注册成为知网用户，然后登录知网官网，在查重系统中提交待查重的文件，系统会自动进行查重分析。查重完成后，系统会生成查重报告，机构可以下载查重报告进行查看。

在申请知网查重时，机构需要注意上传的文件格式要符合知网的要求，同时要保证文件内容的原创性。此外，查重报告中会显示重复率和重复部分的具体内容，机构可以根据报告结果进行后续处理。